Niekiedy organy skarbowe odmawiają zwrotu VAT w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego. Stanowisko takie urzędy skarbowe opierają na literalnym brzmieniu art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, zgodnie z którym zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika. W konsekwencji fiskus uważa, że oddziałowi zagranicznego przedsiębiorcy pochodzącego z Unii Europejskiej nie przysługuje prawo do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym gdyż zdaniem organów skarbowych podatnik jako beneficjent zwrotu już nie istnieje, a ponadto brak jest rachunku bankowego na jaki winien wpłynąć zwrot VAT. Stanowisko takie wydaje się błędne.
W pierwszej kolejności należy zwrócić uwagę na tożsamość podmiotową zagranicznego przedsiębiorcy wspólnotowego oraz jego oddziału również na gruncie podatku od wartości dodanej. Potwierdza to orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (wyrok ETS z dnia 18 marca 1981 r. w sprawie Blankeart i Willems PVBA przeciwko Louise Trost, ECR 1981/3/00819 oraz wyrok ETS z dnia 23 marca 2006 r. w sprawie FCE Bank (C-210/04). Z zasady tożsamości przedsiębiorcy można wywieść, że zarówno przed likwidacją oddziału zagranicznego przedsiębiorcy, jak i po tym zdarzeniu podatnikiem pozostaje ten zagraniczny przedsiębiorca i taka zmiana nie wpływa na zakres jego uprawnień i obowiązków na gruncie podatku od towarów i usług. Dzieje się tak gdyż podatnik pomimo likwidacji oddziału w dalszym ciągu istnieje na terenie państwa członkowskiego UE.
Dodać należy, że z wynikającej z prawa wspólnotowego zasady niedyskryminacji (art. 12 TWE w związku z art. 43 TWE) płynie obowiązek traktowania oddziału zagranicznego przedsiębiorcy nie gorzej niż takiej samej jednostki organizacyjnej powstałej na podstawie prawa polskiego. W konsekwencji jeżeli należy się zwrot VAT polskiemu przedsiębiorcy, który zlikwidował oddział z tytułu działalności tego oddziału to zasadnym jest również taki zwrot przedsiębiorcy mającemu siedzibę w innym państwie członkowskim Unii Europejskiej z tytułu działalności zlikwidowanego oddziału w Polsce.
